神山高校は実在する高校ですか？

はい、神山高校は実在の学校に基づいています。

岐阜県立斐太高等学校が、奉太郎たちが通っている神山高校のモデルとなっています。さらに、こちらの学校は著者である米澤穂信さんの母校でもあります。