ワンピースのヤマトは仲間にならないのはなぜ？

結論

ヤマトは、海に出ることなく、麦わらの一味とワノ国で別れることになっています（コミックス1057話）。しかし、その際にルフィから仲間として認められているため、将来的に再び合流する可能性が残されています。